侯孝賢導演出任台北金馬影展執行委員會主席，提議通過執委會秘書長一職改為執行長，並任命聞天祥為首屆執行長。

國際影展策劃攝影師李屏賓、印度作曲家A. R. 拉曼（A. R. Rahman）、法國演員伊莎貝雨蓓（Isabelle Huppert）、美國影人約翰卡薩維蒂（John Cassavetes）、日本導演市川準（Ichikawa Jun）及資深演員文英專題；伊莎貝雨蓓隨片來台。

法國演員文森培瑞茲（Vincent Perez）、導演班諾賈克（Benoit Jacquot）、吉爾布都（Gilles Bourdos）、日本導演是枝裕和（Hirokazu Koreeda）、行定勳（Isao Yukisada）、演員小田切讓（Joe Odagiri）及越南導演陳英雄（Anh Hung Tran）等影人應邀出席影展。

合作製片會議更名為「金馬創投會議」，共92件電影企劃案報名，入選25部，進行280場會議。並舉行「兩岸/三地電視電影合作機制」、「十里一走馬，五里一揚鞭」研討會。

首度舉辦「金馬電影學院」，選出16位學員參與大師課程與拍攝實作。侯孝賢主席擔任校長，師資包括李安、吳宇森、蔡明亮、關錦鵬、廖慶松、李屏賓、杜篤之等。

以「向攝影致敬」為年度主題，影展放映「光影詩人：李屏賓」專題，並出版專書；頒獎典禮邀請資深攝影師到場觀禮，並策劃表演節目向所有攝影師致敬。

第四十六屆金馬獎頒獎典禮於台北縣（今新北市）縣政府大樓多功能集會堂舉行，由陶晶瑩獨挑大樑，第三度擔任主持人。本屆共有102部影片報名參賽，得獎名單首度出現雙影帝，張家輝及黃渤分別以《証人》及《鬥牛》獲得最佳男主角。